Eine wichtige Frage der Präsentation ist, auf welche Weise man Biologen und Medizinern die erforderlichen praktischen Kenntnisse und Fertigkeiten im Umgang mit Algorithmen und Programmierung vermitteln kann. Im Gegensatz zu den meisten solchen Versuchen, die sich auf die Anwendung fertig implementierter Softwarepakete oder aber auf einfache Programmieraufgaben (z.B. in Perl) beschränken, sind wir den Weg über das Computeralgebra-Programm Mathematica gegangen. Mathematica erlaubt, elementare Beispiele bioinformatischer Anwendungen in transparenter Weise darzustellen, mathematische Hypothesen unmittelbar zu testen und die im Verlaufe des Buchs diskutierten Algorithmen schnell und effizient zu implementieren. In Mathematica stehen die Bausteine mathematischer Modelle (z.B. Differentialgleichungen oder spezielle Funktionen) auf derselben Stufe wie Verfahren der Datenhandhabung, Datenanalyse und Visualisierung. Das gesamte Spektrum bioinformatischer Arbeitsweisen kann so in derselben Umgebung erfolgen. Unerwartete Unterstützung hat dieser Weg durch die aktuelle Entwicklung von Mathematica erfahren. Seit der Version 5.1 (im Oktober 2005) beschäftigen sich zentrale Neuerungen mit der Behandlung von Symbolsequenzen, so dass Mathematica sich zu einer wichtigen bioinformatischen Forschungs- und Arbeitsoberfläche weiterentwickelt.

Die Mathematica-Dateien sind hier in elektronischer Form zum Download bereitgestellt.

Die Hinweise auf Gleichungen, Abbildungen und Literatur innerhalb der Textpassagen der Notebooks beziehen sich auf die Druckfassung des Buchs. Ergänzende Textpassagen und Befehle, die in der Druckversion des Buches nicht angegeben sind, werden in den Notebooks durch graue Schrift hervorgehoben. Die Mathematica-Notebooks wurden mit der Version 5.1 erstellt und unter Windows XP und Mac OS X getestet.

Die hier zum Download bereitgestellten Notebooks können auch ohne Mathematica dargestellt werden. Die dafür benötigte Software MathReader ist auf der Internetseite http://www.wolfram.com/products/mathreader/ frei erhältlich.